B项：刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。非法拘禁属于持续犯，A市和C市均属于犯罪行为地，所以A市和C市对非法拘禁案有管辖权。所以，B项正确。  
C、D项：根据《刑诉解释》第4条规定：“在中华人民共和国领域外的中国船舶内的犯罪，由该船舶最初停泊的中国口岸所在地的人民法院管辖。”本案中，该船回国后首泊于M省B市港口以作休整，因此，B市中级法院对故意杀人案有管辖权。所以，C项正确，D项错误。 A项：根据《刑事诉讼法》第20条规定：“中级人民法院管辖下列第一审刑事案件：（一）危害国家安全、恐怖活动案件；（二）可能判处无期徒刑、死刑的案件。”故意杀人罪属于可能判处无期徒刑、死刑的案件，应由中级法院审理。根据《刑诉解释》第13条规定“一人犯数罪、共同犯罪和其他需要并案审理的案件，其中一人或者一罪属于上级人民法院管辖的，全案由上级人民法院管辖。”本案中，甲犯故意杀人罪与非法拘禁罪，属于一人犯数罪，甲乙共谋杀害丙属于共同犯罪，故意杀人罪应该由中级人民法院审理，所以全案均应由中级人民法院审理。所以，A项错误。 综上所述，本题正确答案为BC。