甲公司与乙公司就双方签订的加工承揽合同达成仲裁协议，约定一旦合同履行发生纠纷，由当地仲裁委员会仲裁。后合同履行发生争议，甲公司将乙公司告上法庭。对此乙公司没有向受诉法院提出异议。开庭审理中，甲公司举出充分证据，乙公司败诉已成定局，于是乙公司向法院提交了双方达成的仲裁协议。法院审查后认为该仲裁协议无效，此时应如何处理？