甲公司和乙公司签订了一份技术转让合同，并单独签订了一份仲裁协议。甲公司和乙公司在履行合同过程中发生了纠纷。甲公司向法院起诉，要求乙公司支付转让费并赔偿损失，但未声明有仲裁协议。法院受理后通知乙公司应诉，乙公司未提出异议且对甲公司的请求进行了答辩。在开庭审理过程中，法庭调查时，乙出示了仲裁协议书并指出法院无管辖权的问题，对此，法院应当如何处理