【请教】有关公司与股东之间的借款你洗衣

【请教】A公司对B公司享有49%的股份和100万的债权，A公司把他对B公司的股权和债权全部转让给了C公司，现在c公司对b公司享有49%的股份、100万的转让债权、900万其他的普通债权，c公司和b公司达成一个协议，按照持股比例，b公司向c公司借款（100+900）*49%=490万元，c公司提出，因为b公司还欠c公司100万，这100万做对抵，c公司只需要支付390万元借款即视为完成借款义务，现在借款到期了，c公司向b公司主张490万元的借款和以490万的借款为基数计算的利息。注意：1、c公司借款后，将其股权转让给了其他公司，退出b公司股东层。2、c公司的借款已经超过诉讼时效（暂时认定）问题：
1、请问c公司与b公司之间的借款协议是否有效？
2、请问借款的实际金额应该按490万算还是390万算（实践性合同）？
3、该100万是否